Este tempo permite que sejam desenvolvidos microrganismos na água, ou seja bactérias nitrificantes benéficas (Nitrosomonas) que se alimentam de amónia (NH3) e a vão transformar em nitritos (NO2).
Estes que apesar de menos tóxicos constituem também perigo para os nossos invertebrados. Felizmente outros microrganismos (Nitrobacter) irão processar estes e serão convertidos em nitratos (NO3).
Os nitratos, sendo menos tóxicos que os anteriores, são também prejudiciais e devem ser removidos constantemente da água.
Naturalmente pela absorção/consumo das plantas ou musgos existentes no nosso aquário e também pelas essenciais e obrigatórias TPA (Trocas Parciais de Água) diminuindo assim os nitratos existentes e a sua toxicidade.
Durante a ciclagem, é aconselhável que as TPA comecem a ser feitas após os primeiros 15 dias de ciclo, para permitir que quanto antes se baixem os nitratos, impedindo que eles subam em excesso.